Николай Шишкин родился в поселке Стрелица, что в Семилукском районе. Свою трудовую деятельность он начал в 1976 году: на заводе «Водмашоборудование» работал слесарем-сборщиком. Потом служил в армии, после которой снова вернулся на родное предприятие. В 1980 году поступил на юридический факультет ВГУ, через пять лет стал дипломированным специалистом и был зачислен стажером в органы прокуратуры. Через год после этого стал следователем в Семилукском районе, затем – уже в Хохольском – заместителем прокурора.
В сентября 1989 года Николай Анатольевич возглавил прокуратура Ольховатского района. С июня 1997 года по январь 2001 года работал начальником отдела по надзору за исполнением законов и законностью правовых актов прокуратуры Воронежской области. Затем стал заместителем облпрокурора.
В 2004 году продолжил федеральную государственную службу – стал заместителем начальника Главного управления Министерства юстиции по Воронежской области – главным судебным приставом. С 2005 по 2006 году возглавил региональное Управление Федеральной службы судебных приставов. С июля 2006 года является прокурором области.
