Согласно постановлению, функция проектного офиса программы закрепляется за автономной некоммерческой организацией «Аналитический центр при правительстве Российской Федерации». Эта организация будет проводить работу по созданию информационной системы электронного взаимодействия участников программы. Ответственным за реализацию направлений «Нормативное регулирование» и «Кадры и образование» госпрограммы назначено Министерство экономического развития. А пункты «Формирование исследовательских компетенций и технологических заделов», «Информационная инфраструктура» и «Информационная безопасность» будет курировать Министерство связи и массовых коммуникаций.
Также подписанный премьер-министром документ определяет систему управления реализацией программы «Цифровая экономика Российской Федерации», в которую входит несколько организаций. В их числе правительственная комиссия по использованию информационных технологий для улучшения качества жизни и условий ведения предпринимательской деятельности, подкомиссия по цифровой экономике, центры компетенций и рабочие группы по направлениям программы.
В постановлении прописаны все функции и обязанности каждой из представленных организаций. Глава правительства попросил всех ответственных за реализацию «исключительно важной» программы сконцентрироваться на поставленных целях.